Отдел координации ГРР и НИР был создан в Институте в 2005 году, а в 2006 году на его основе создается Исполнительная дирекция по координации ГРР, НИР и делопроизводству. В состав Исполнительной дирекции вошли Отдел координации ГРР, Отдел координации НИР и Канцелярия.
В 2010 году расформирован Отдел координации НИР, а в 2012 году и Исполнительная дирекция так же прекратила свою деятельность и на нее базе выделены 3 самостоятельных подразделения Института: Канцелярия, Отдел координации ГРР и Отдел правового обеспечения.
Отдел координации ГРР продолжил свою работу как самостоятельное подразделение под кураторством Исполнительного директора до марта 2021 года.
В марте 2021 года Отдел координации ГРР вошёл в состав Центра научно-методического и организационного обеспечения государственного геологического картографирования (ЦНМООГГК).
